Erstmals urkundlich erwähnt wurde die Jagdhausalm im Jahre 1212, damals als "sechs Höfe" - die man in der Volkssprache Schwaighöfe nennt - "alle beisammen gelegen am Ort Jagehusen im Bereich Schwarzach". Zu diesem Zeitpunkt wurde sie als Dauersiedlung ganzjährig bewirtschaftet. Jedoch musste aufgrund der extremen Höhenlage diese Nutzung bald aufgegeben werden. Bereits 1406 werden anstatt von Höfen nur noch "alben" in diesem Bereich genannt. Seitdem werden sie nur noch als Sommeralm genutzt. Die Bewohner der Siedlung haben damals für die Herren von Taufers Butter und andere Grundversorgungsmittel hergestellt, im Gegenzug versorgten die Herren von Taufers die Bewohner der Alm mit Getreide und anderen Nahrungsmitteln. Vor 60 Jahren waren noch 40-45 Senner mit 100 Milchkühen und rund 500 Schafen und 100 Schweinen auf der Alm. Die Milch wurde zu Butter und Käse verarbeitet, wovon heutzutage noch die "Kaskeller" zeugen.
Die Häuser der Almsiedlung selbst dienen als Ställe, Vorratslager und Behausung der Senner. Sie sind aufgrund des fehlenden Bauholzes aus lokal vorkommenden Steinen erbaut.
Heute liegt der Grundeigentum und das Weiderecht im Besitz von 15 Südtiroler Bauern die jährlich gegen Ende Juni rund 345 Stück Jungrinder auf die Alm treiben. Früher hatte jeder der Besitzer einen Hirten und einen Bub zum Hüten auf der Alm, wobei in den 60er und 70er Jahren keine Senner mehr zu finden waren, wodurch die Sennerei auf der Jagdhausalm aufgegeben wurde. Heute wird das Vieh von drei bis fünf Hirten beaufsichtigt, indem es in Gruppen aufgeteilt und auf verschiedenen Teilen der Alm, auf bis zu 2.500 m Meereshöhe, gekoppelt wird: Ochsen und trächtige Kalbinnen zum einen sowie Kälber und Galtvieh zum anderen. Hierbei dient auch der Elektrozaun als Hilfe.
Rund 7 ha Wiese werden heute noch gemäht, wobei jeder Bauer einen eigenen Streifen hat, den er mäht. Eine Besonderheit ist aber, dass der, der den Streifen am nächsten bei seiner Hütte hat, um nicht bevorzugt zu werden, auch noch einen Teilstreifen am Rand der Wiese mäht.
Die Jagdhausalm, die das Nationalparkzertifikat verliehen bekam, hat in den letzten Jahren viel in die Erhaltung und Modernisierung der Alm investiert. So wurde im Jahr 2008 ein eigenes Elektrowerk und eine zirka 200 m lange Trockensteinmauer errichtet. 2010 baute man eine Trinkwasserversorung, wodurch eine Renovierung der Steinhütten erst wirklich möglich gemacht wurde. Hier ist zu erwähnen, dass der Nationalpark als sehr wichtiger Partner von den Almbesitzern geschätzt wird und auch die Landesregierung diese Maßnahmen sehr unterstützt. Dass die Hütten unter Denkmalschutz stehen, erleichtert die Arbeit der Almbauern nicht, meint der Obmann der Jagdhausalm Andreas Eppacher.
Das Vieh wird über das Joch nach Südtirol getrieben, wobei die 50 Stück Lehnvieh am 15. September abgetrieben werden, die restlichen Rinder aber je nach Witterung noch bis in den Oktober hinein auf der Alm bleiben. Nach Erzählungen alter Bauern soll es auch schon vorgekommen sein, dass im Frühjahr nach dem Almauftrieb wieder Wintereinbruch herrschte und die Tiere aufgrund von Futtermangel wieder über das Joch nach Hause getrieben werden mussten.
Früher war der Grenzübergang über das Joch nicht einfach bewältigbar, da ohne Ausweis keine Überquerung möglich war. Beim Almabtrieb war die Überquerung des Joches eine separate Prozedur, denn jedes Vieh wurde genau beurteil und vom Tierarzt untersucht, sodass auch ein Schmuggel von Vieh ausgeschlossen werden konnte. Auch im Bereich der Verhinderung von Krankheiten war früher viel schwieriger als heute.
Ein Problem, welches ständig zunimmt, ist der Mangel an qualifiziertem Personal für die Almbewirtschaftung. Ein weiteres Problem ist, wie auf vielen anderen Almen in Tirol, das fortschreitende Zuwachsen der Alm - dies gilt es zu verhindern. Um Letzerem entgegenzuwirken, wird in den nächsten Jahren vermehrt Augenmerk auf Schwendmaßnahmen gelegt.
